В данном случае, "чего хочет" выделяется запятыми, чтобы указать на определенное объединение слов в предложении. В данном контексте "чего хочет" выступает в качестве дополнения к глаголу "знает", образуя словосочетание "знает, чего хочет". Запятая здесь разделяет два части предложения и помогает лучше понять его смысл.