Слово "в течение" пишется раздельно, потому что оно является составным наречием, образованным от предлога "в" и существительного "течение". В таких случаях слова пишутся раздельно.

В конце слова "течение" пишется "е", потому что это именное слово женского рода, окончание которого образуется от исходного слова "течь". В русском языке многие слова имеют изменяемые окончания в зависимости от рода, числа и падежа.