Перья и чешуи у рептилий имеют общее происхождение из некоторого общего предка. Это подтверждается несколькими анатомическими, эмбриологическими и генетическими сходствами между перьями птиц и чешуями рептилий.

Например, как и перья, чешуи рептилий состоят из рогового вещества, поддерживаемого меланоцитами и меланином. У рептилий чешуи также имеют структуру, аналогичную перьям, с жилками в центре и пластинками по бокам.

Кроме того, в ходе эмбриогенеза и развития этих структур происходит активация сходных генов. Например, гены, ответственные за развитие перьев у птиц, схожи с генами, контролирующими формирование чешуй у рептилий.

Таким образом, имеются не только структурные, но и генетические доказательства того, что перья и чешуи имеют общее происхождение у птиц и рептилий.