Аллопатрическая специация происходит за счет географической изоляции, когда популяции одного вида разделяются географическим барьером и перестают обмениваться генетическим материалом. В результате этого происходит накопление различий между популяциями, что ведет к формированию нового вида. В случае симпатрической специации новый вид образуется в пределах одного и того же ареала без географической изоляции.

Аллопатрическая специация основана на географической изоляции, тогда как симпатрическая специация связана с разделением экологических ниш или другими механизмами изоляции, которые не обязательно связаны с пространственным разделением.

Аллопатрическая специация может занимать длительное время (века или тысячелетия), так как процесс формирования нового вида начинается с разделения популяций и требует накопления генетических различий. Симпатрическая специация, как правило, происходит быстрее, так как новый вид образуется в условиях одного ареала.

Примеры аллопатрической специации включают разделение континентальных популяций животных (например, карликовые слоны на Суматре и Борнео), а симпатрическая специация можно наблюдать у некоторых видов растений, которые развили специальные адаптации для использования разных ресурсов в одном месте обитания.