Потому что на камень постоянно действует сила тяжести, направленная вниз. По второму закону Ньютона $F=ma$ сила тяжести $F=mg$ даёт ускорение вниз по модулю $g$ (≈9.8 м/с${}^2$). Если взять вверх положительным направлением, то ускорение равно $a=-g$.
При броске вверх начальная скорость $v_0>0$, и скорость меняется как $v(t)=v_0-gt$ — она уменьшается, пока не станет нулём в вершине (время подъёма $t=v_0/g$). После вершины скорость становится отрицательной (направлена вниз) и по модулю растёт, поскольку ускорение всё так же направлено вниз.
С точки зрения энергии: при подъёме кинетическая энергия переходит в потенциальную ($\frac{1}{2}m{v}^2$ уменьшается, $mgh$ растёт), при падении процесс обратный — потенциальная переходит в кинетическую, скорость увеличивается. (Учтите, что при значительной роли сопротивления воздуха поведение изменяется — падение может достигать предельной скорости.)