В этой пустоте есть ещё электроны и само ядро. Все они связаны электромагнитный взаимодействием, что в принципе и является препятствием для проникновения других элементов.

Электромагнитные поля, которые образуются при вращении электронов вокруг ядра, препятствуют проникновению объектов друг в друга.