Назва "органічна хімія" походить від терміну "органічні речовини", який спочатку вживався для позначення речовин, які містять у своїй будові вуглець у сполученні з іншими хімічними елементами, такими як водень, кисень, азот, фосфор та інші. Назва виникла в XVIII столітті, коли вважалося, що органічні речовини могут бути отримані лише з органічних джерел, таких як рослини та тварини.

Проте з розвитком сучасної хімії стало відомо, що органічні речовини можуть бути синтезовані не лише в природних умовах, а й штучно. Таким чином, тепер уявлення про органічні речовини розширилося, і вони описуються як будь-які сполуки, що містять вуглець у складі їх молекул.

Отже, назва "органічна хімія" залишилася просто в силі і використовується для позначення дисципліни, що вивчає будову, властивості та реакції органічних речовин, незважаючи на те, що ці речовини можуть мати штучне походження.