Коротко — потому что в древних версиях мифа число подвигов не было строго фиксировано. В одних традициях Геракл совершал именно двенадцать подвигов $эта«каноническая»дюжинасталасамойизвестной$, в других — тринадцать или даже больше. Причины такие:

Разные локальные и поэтические версии. Мифы передавались устно и местные легенды по‑разному считали, какие дела считать «подвигом» и какие — нет.Некоторые подвиги оспаривались и не засчитывались Эврисфеем $царём,которыйназначилзадания$. Самый известный пример — очистка Авгиевых конюшен. Эврисфей не зачёл этот подвиг, потому что Геракл взял за него плату $ипотомучтоиспользовалхитрость—перегналчерезконюшниреку$. Поскольку один из подвигов был «отбракован», Геракл должен был выполнить дополнительное задание, и в некоторых версиях в результате получается 13.Различия в списках подвигов. В одних списках какие‑то эпизоды объединяют в один подвиг, в других — разделяют на два; где‑то добавляют локальные эпизоды $например,поимкакентавров,кража/возвращениекаких‑тотрофеевит.п.$.

Источники $Апполодор,ДиодорСикул,Павсанийидр.$ приводят разные списки и комментарии, поэтому и сегодня можно встретить варианты «двенадцать» и «тринадцать». Если хотите, могу привести стандартный список двенадцати подвигов и примеры версий, где их тринадцать.