Когда наступила ночь, город погрузился в тихий сумрак, и лишь редкие фонари мерцали вдоль пустых улиц.
Запятая после «Когда наступила ночь» отделяет придаточное предложение, запятая перед «и» разделяет однородные главные предложения.
Когда наступила ночь, город погрузился в тихий сумрак, и лишь редкие фонари мерцали вдоль пустых улиц.
Запятая после «Когда наступила ночь» отделяет придаточное предложение, запятая перед «и» разделяет однородные главные предложения.