Слово "столетие" при образовании потеряло суффикс "-ник". Изначально слово "столетник" образовалось от слова "сто" и суффикса "-ник", обозначающего лицо, связанное с числом сто. В процессе языкового развития был утрачен суффикс, и слово осталось лишь как "столетие", обозначающее период в сто лет.