Слова "гор" и "гар" действительно должны чередоваться согласно правилу проверки ударения, однако это относится к конкретным словоформам в разных падежах и числах. Например, в именительном падеже единственного числа мужского рода слово "гор" пишется без ударения на последний слог, а в именительном падеже единственного числа женского рода - "гар" с ударением на последний слог. Таким образом, следует учитывать конкретную словоформу и правила ударения при орфографической проверке.