В оптическом микроскопе при увеличении числовой апертуры появляются различные аберрации: какие физические причины хроматической и сферической аберрации, как они ограничивают разрешение и какие оптические и вычислительные методы коррекции наиболее эффективны в биологических исследованиях?
Кратко — сначала физика, затем как это портит разрешение, и в конце — практические способы коррекции оптическиеивычислительныеоптические и вычислительныеоптическиеивычислительные с рекомендациями для биологических задач.
1) Физические причины
Хроматическая аберрация Причина: дисперсия — показатель преломления стекла nλλλ зависит от длины волны. Из‑за этого разные λ фокусируются в разных местах длиннаяфуксиявниз/вверхдлинная фуксия вниз/вверхдлиннаяфуксиявниз/вверх, появляется как продольная фокуснаяточкаменяетсяпоzфокусная точка меняется по zфокуснаяточкаменяетсяпоz и поперечная мелкиесмещенияпоxyмелкие смещения по xyмелкиесмещенияпоxy хроматичность. Дополнительно вклад вносит несовпадение дисперсии между объективом, туб‑линзой, филтрами и средой образца.Где проявляется сильно: при большом спектральном диапазоне источника/эмиссии широкополосноеосвещение,белаялампа,широкиеспектральныеокнафлуорофоровширокополосное освещение, белая лампа, широкие спектральные окна флуорофоровширокополосноеосвещение,белаялампа,широкиеспектральныеокнафлуорофоров и при высоких NA чемвышеNA—тем«чувствительнее»фокускмалымизменениямпутичем выше NA — тем «чувствительнее» фокус к малым изменениям путичемвышеNA—тем«чувствительнее»фокускмалымизменениямпути.Сферическая аберрация Причина: лучи, проходящие через периферию линзы большиеапертурыбольшие апертурыбольшиеапертуры и через центры, имеют разные оптические пути; идеальные сферические поверхности не дают одинаковой фокусировки всех пучков. Также сильный вклад даёт несовпадение показателя преломления между средой объектив→покровным стеклом→образцом nobj≠ncover≠nsamplenobj ≠ ncover ≠ nsamplenobj=ncover=nsample и неверная толщина покровного стекла. Сферическая аберрация нарастает с NA и с глубиной в среде с несоответствующим n.Проявление: удлинение и асимметрия ПФХ PSFPSFPSF по оси z, уменьшение пика интенсивности и контраста, потеря высоких пространственных частот.
2) Как они ограничивают разрешение
Идеально разрешение задаётся дифракцией: приблизительно d ≈ 0.61 λ / NA латеральнолатеральнолатерально и d_z ≈ 2 n λ / NA^2 аксиальноаксиальноаксиально. Аберрации не изменяют фундаментальную формулу, но: Широкий PSF и снижение пикового сигнала уменьшениеStrehl‑коэффициентауменьшение Strehl‑коэффициентауменьшениеStrehl‑коэффициента эквивалентно снижению «эффективного» NA — разрешение падает.Хроматическая аберрация вызывает цветовые сдвиги между каналами особеннокритичнодлямногоканальнойсъёмкиисупервысокойточностилокализацииособенно критично для многоканальной съёмки и супервысокой точности локализацииособеннокритичнодлямногоканальнойсъёмкиисупервысокойточностилокализации, а также спектральное расширение PSF размытаяграницаразмытая границаразмытаяграница.Сферическая аберрация сильно портит осевую резкость: тонкие объекты по высоте «растягиваются», контраст уменьшается, локализация и восстановление низких/высоких частот ухудшаются.Практически: при волновой ошибке RMS ≳ λ/14 Strehl падает <0.8 — система уже не считается дифракционно‑ограниченной. Если аберрации большие, никакая деконволюция не восстановит потерянные высокочастотные компоненты выше шума.
3) Оптические методы коррекции
Для хроматической аберрации Использовать цветокорректированные объективы: ахроматы → апохроматы → супер‑апохроматы. Apochromat/plan‑apochromat исправляют дисперсию для нескольких длин волн одновременно.Узкоспектральное освещение: лазеры/узкие полосы светодиодов/монохроматические фильтры уменьшают продольную хроматичность.Полностью коррекция в системе: согласование туб‑линзы и объектива, корректирующие хроматические элементы дихроические/дифракционныеэлементыпринеобходимостидихроические/дифракционные элементы при необходимостидихроические/дифракционныеэлементыпринеобходимости.Для сферической аберрации Правильный выбор иммерсионной среды: вода для живых клеток в воде, масло для фиксированных препаратов под маслом, силиконовое масло/универсальные иммерсионные среды для некоторых образцов приближаютnктканевойсредеприближают n к тканевой средеприближаютnктканевойсреде.Корректирующие кольца на объективе correctioncollarcorrection collarcorrectioncollar — компенсируют отклонение толщины покровного стекла или небольшой mismatch n.План‑/апохроматические объективы с исправленными полями planplanplan и оптимизированной формой линз для высоких NA.Adaptive optics AOAOAO: деформируемые зеркала, SLM, микролинзы — активная коррекция волнового фронта, особенно для глубоких образцов и при рассеянии.Подготовка образца: подбор среды и/или методы очистки/очистки тканей clearingclearingclearing для выравнивания показателя преломления и уменьшения неоднородностей.
4) Вычислительные методы коррекции
Для хроматической аберрации Калибровочная регистрация каналов: измерить и применить трансформацию полином,сплайнполином, сплайнполином,сплайн по xy и z с помощью fiducial‑частиц мультицветныебусинкимультицветные бусинкимультицветныебусинки. Это стандартный и очень эффективный метод для многоканальной флуоресценции и локализации.Канально‑специфичная деконволюция: строить PSF для каждой λ и деконволировать отдельно, затем совмещать.Для сферической аберрации Декомпозиция и деконволюция с глубинно‑зависимым PSF depth‑variantdeconvolutiondepth‑variant deconvolutiondepth‑variantdeconvolution — либо используя модель PSF, либо меряя PSF на разных глубинах при помощи бусинок.Blind/deblurring методы и регуляризированные алгоритмы Richardson‑Lucyсрегуляризатором,WienerRichardson‑Lucy с регуляризатором, WienerRichardson‑Lucyсрегуляризатором,Wiener, но эффективность падает с уменьшающимся SNR и при сильной потере высоких частот.Комбинация: сначала адаптивная оптическая коррекция иликоррекцияcollar/RIили коррекция collar/RIиликоррекцияcollar/RI, затем деконволюция с уточнённым PSF.Для супервысоких методов PALM/STORM,SMLMPALM/STORM, SMLMPALM/STORM,SMLM
Калибровки PSF для каждого канала/глубины; использование профильной PSF‑engineeringPSF‑engineeringPSF‑engineering калибровки астигматизм,double‑helixит.п.астигматизм, double‑helix и т. п.астигматизм,double‑helixит.п. с канал‑специфической коррекцией хроматичности.Корекция смещений и масштабов между каналами с помощью испытательных образцов.
5) Какие методы наиболее эффективны в практике биологии рекомендациирекомендациирекомендации
Для рутинной многоканальной флуоресцентной микроскопии клеткинапокровномстеклеклетки на покровном стеклеклеткинапокровномстекле
Купите/используйте high‑quality plan‑apochromat объекти́в с соответствующей иммерсией и correction collar.Контролируйте толщину покровного стекла обычно0.17mmобычно 0.17 mmобычно0.17mm и используйте подходящий immersion oil/medium.При многоканальной съёмке — измеряйте и корректируйте хроматические сдвиги на этапе постобработки fiducialsfiducialsfiducials.Для толстых/глубоких образцов органоиды,ткани,invivoорганоиды, ткани, in vivoорганоиды,ткани,invivo
Первичная стратегия — уменьшить несоответствие n: выбор подходящей иммерсионной среды например,силиконовыеобъектыдляn≈1.4например, силиконовые объекты для n ≈ 1.4например,силиконовыеобъектыдляn≈1.4, или обработка образцов ри‑матчинг растворами/clearing CUBIC,CLARITY,RIMSит.п.CUBIC, CLARITY, RIMS и т. п.CUBIC,CLARITY,RIMSит.п. если это совместимо с задачей.Для высоких глубин и живой ткани — Adaptive Optics sensorlessAOчастоиспользуетсявконфокальной/мультифотоннойсистемах,т.к.прямоеволновоеизмерениесложноsensorless AO часто используется в конфокальной/мультифотонной системах, т. к. прямое волновое измерение сложноsensorlessAOчастоиспользуетсявконфокальной/мультифотоннойсистемах,т.к.прямоеволновоеизмерениесложно. AO даёт наибольший выигрыш в разрешении/контрасте на глубинах, где простые меры бесполезны.На завершающем этапе — применять depth‑variant deconvolution с PSF, измеренным/моделированным для каждой глубины.Для высокоточной многоканальной локализации SMLM,FISH,корреляционныеметодыSMLM, FISH, корреляционные методыSMLM,FISH,корреляционныеметоды
Калибруйте хроматические искажения с многоканальными микробусинками и используйте канальное выравнивание/матрицы смещения.Используйте апохроматические объективы и минимальный спектральный перекрывающий диапазон.Практическое правило: аппаратная коррекция правильныйобъектив,иммерсия,correctioncollar,AO,clearingправильный объектив, иммерсия, correction collar, AO, clearingправильныйобъектив,иммерсия,correctioncollar,AO,clearing всегда льёт больше воды, чем чистая вычислительная обработка. Вычисления полезны и часто необходимы, но не могут восстановить полностью утраченные высокочастотные компоненты при малом SNR.
6) Ограничения и реальные ожидания
Если волновая ошибка велика и Strehl мал, то никакая деконволюция не вернёт скрытую информацию — можно лишь улучшить видимость/контраст.AO и системы с активной коррекцией дороги и сложны в настройке; их применение оправдано при глубоком/высококачественном super‑resolution,2Psuper‑resolution, 2Psuper‑resolution,2P сканировании.Некоторые методы очистка,сменаиммерсионногомаслаочистка, смена иммерсионного маслаочистка,сменаиммерсионногомасла несовместимы с живыми образцами — нужно выбирать компромисс.
Короткий чек‑лист для практики
Для обычной готовой пробы: plan‑apochromat объектив, правильное immersion medium, корректная толщина покровного стекла, калибровка хроматичности.Для многоканальной/локализационной работы: узкие фильтры/лазеры, повсеместная калибровка каналов с fiducials, канал‑специфичный PSF.Для глубоких/тяжёлых образцов: RI‑matching или clearing + коррекция collar + в идеале AO + depth‑variant deconvolution.
Если хотите, могу:
привести пошаговый протокол калибровки хроматической регистрации экспериментиобработкаэксперимент и обработкаэкспериментиобработка;подобрать рекомендации для конкретного типа микроскопа widefield/confocal/2P/SMLMwidefield/confocal/2P/SMLMwidefield/confocal/2P/SMLM и типа образца живыеклетки/толстаяфиксированнаятканьживые клетки/толстая фиксированная тканьживыеклетки/толстаяфиксированнаяткань.
Кратко — сначала физика, затем как это портит разрешение, и в конце — практические способы коррекции оптическиеивычислительныеоптические и вычислительныеоптическиеивычислительные с рекомендациями для биологических задач.
1) Физические причины
Хроматическая аберрацияПричина: дисперсия — показатель преломления стекла nλλλ зависит от длины волны. Из‑за этого разные λ фокусируются в разных местах длиннаяфуксиявниз/вверхдлинная фуксия вниз/вверхдлиннаяфуксиявниз/вверх, появляется как продольная фокуснаяточкаменяетсяпоzфокусная точка меняется по zфокуснаяточкаменяетсяпоz и поперечная мелкиесмещенияпоxyмелкие смещения по xyмелкиесмещенияпоxy хроматичность. Дополнительно вклад вносит несовпадение дисперсии между объективом, туб‑линзой, филтрами и средой образца.Где проявляется сильно: при большом спектральном диапазоне источника/эмиссии широкополосноеосвещение,белаялампа,широкиеспектральныеокнафлуорофоровширокополосное освещение, белая лампа, широкие спектральные окна флуорофоровширокополосноеосвещение,белаялампа,широкиеспектральныеокнафлуорофоров и при высоких NA чемвышеNA—тем«чувствительнее»фокускмалымизменениямпутичем выше NA — тем «чувствительнее» фокус к малым изменениям путичемвышеNA—тем«чувствительнее»фокускмалымизменениямпути.Сферическая аберрация
Причина: лучи, проходящие через периферию линзы большиеапертурыбольшие апертурыбольшиеапертуры и через центры, имеют разные оптические пути; идеальные сферические поверхности не дают одинаковой фокусировки всех пучков. Также сильный вклад даёт несовпадение показателя преломления между средой объектив→покровным стеклом→образцом nobj≠ncover≠nsamplenobj ≠ ncover ≠ nsamplenobj=ncover=nsample и неверная толщина покровного стекла. Сферическая аберрация нарастает с NA и с глубиной в среде с несоответствующим n.Проявление: удлинение и асимметрия ПФХ PSFPSFPSF по оси z, уменьшение пика интенсивности и контраста, потеря высоких пространственных частот.
2) Как они ограничивают разрешение
Идеально разрешение задаётся дифракцией: приблизительно d ≈ 0.61 λ / NA латеральнолатеральнолатерально и d_z ≈ 2 n λ / NA^2 аксиальноаксиальноаксиально. Аберрации не изменяют фундаментальную формулу, но:Широкий PSF и снижение пикового сигнала уменьшениеStrehl‑коэффициентауменьшение Strehl‑коэффициентауменьшениеStrehl‑коэффициента эквивалентно снижению «эффективного» NA — разрешение падает.Хроматическая аберрация вызывает цветовые сдвиги между каналами особеннокритичнодлямногоканальнойсъёмкиисупервысокойточностилокализацииособенно критично для многоканальной съёмки и супервысокой точности локализацииособеннокритичнодлямногоканальнойсъёмкиисупервысокойточностилокализации, а также спектральное расширение PSF размытаяграницаразмытая границаразмытаяграница.Сферическая аберрация сильно портит осевую резкость: тонкие объекты по высоте «растягиваются», контраст уменьшается, локализация и восстановление низких/высоких частот ухудшаются.Практически: при волновой ошибке RMS ≳ λ/14 Strehl падает <0.8 — система уже не считается дифракционно‑ограниченной. Если аберрации большие, никакая деконволюция не восстановит потерянные высокочастотные компоненты выше шума.
3) Оптические методы коррекции
Для хроматической аберрацииИспользовать цветокорректированные объективы: ахроматы → апохроматы → супер‑апохроматы. Apochromat/plan‑apochromat исправляют дисперсию для нескольких длин волн одновременно.Узкоспектральное освещение: лазеры/узкие полосы светодиодов/монохроматические фильтры уменьшают продольную хроматичность.Полностью коррекция в системе: согласование туб‑линзы и объектива, корректирующие хроматические элементы дихроические/дифракционныеэлементыпринеобходимостидихроические/дифракционные элементы при необходимостидихроические/дифракционныеэлементыпринеобходимости.Для сферической аберрации
Правильный выбор иммерсионной среды: вода для живых клеток в воде, масло для фиксированных препаратов под маслом, силиконовое масло/универсальные иммерсионные среды для некоторых образцов приближаютnктканевойсредеприближают n к тканевой средеприближаютnктканевойсреде.Корректирующие кольца на объективе correctioncollarcorrection collarcorrectioncollar — компенсируют отклонение толщины покровного стекла или небольшой mismatch n.План‑/апохроматические объективы с исправленными полями planplanplan и оптимизированной формой линз для высоких NA.Adaptive optics AOAOAO: деформируемые зеркала, SLM, микролинзы — активная коррекция волнового фронта, особенно для глубоких образцов и при рассеянии.Подготовка образца: подбор среды и/или методы очистки/очистки тканей clearingclearingclearing для выравнивания показателя преломления и уменьшения неоднородностей.
4) Вычислительные методы коррекции
Для хроматической аберрацииКалибровочная регистрация каналов: измерить и применить трансформацию полином,сплайнполином, сплайнполином,сплайн по xy и z с помощью fiducial‑частиц мультицветныебусинкимультицветные бусинкимультицветныебусинки. Это стандартный и очень эффективный метод для многоканальной флуоресценции и локализации.Канально‑специфичная деконволюция: строить PSF для каждой λ и деконволировать отдельно, затем совмещать.Для сферической аберрации
Декомпозиция и деконволюция с глубинно‑зависимым PSF depth‑variantdeconvolutiondepth‑variant deconvolutiondepth‑variantdeconvolution — либо используя модель PSF, либо меряя PSF на разных глубинах при помощи бусинок.Blind/deblurring методы и регуляризированные алгоритмы Richardson‑Lucyсрегуляризатором,WienerRichardson‑Lucy с регуляризатором, WienerRichardson‑Lucyсрегуляризатором,Wiener, но эффективность падает с уменьшающимся SNR и при сильной потере высоких частот.Комбинация: сначала адаптивная оптическая коррекция иликоррекцияcollar/RIили коррекция collar/RIиликоррекцияcollar/RI, затем деконволюция с уточнённым PSF.Для супервысоких методов PALM/STORM,SMLMPALM/STORM, SMLMPALM/STORM,SMLM Калибровки PSF для каждого канала/глубины; использование профильной PSF‑engineeringPSF‑engineeringPSF‑engineering калибровки астигматизм,double‑helixит.п.астигматизм, double‑helix и т. п.астигматизм,double‑helixит.п. с канал‑специфической коррекцией хроматичности.Корекция смещений и масштабов между каналами с помощью испытательных образцов.
5) Какие методы наиболее эффективны в практике биологии рекомендациирекомендациирекомендации
Для рутинной многоканальной флуоресцентной микроскопии клеткинапокровномстеклеклетки на покровном стеклеклеткинапокровномстекле Купите/используйте high‑quality plan‑apochromat объекти́в с соответствующей иммерсией и correction collar.Контролируйте толщину покровного стекла обычно0.17mmобычно 0.17 mmобычно0.17mm и используйте подходящий immersion oil/medium.При многоканальной съёмке — измеряйте и корректируйте хроматические сдвиги на этапе постобработки fiducialsfiducialsfiducials.Для толстых/глубоких образцов органоиды,ткани,invivoорганоиды, ткани, in vivoорганоиды,ткани,invivo Первичная стратегия — уменьшить несоответствие n: выбор подходящей иммерсионной среды например,силиконовыеобъектыдляn≈1.4например, силиконовые объекты для n ≈ 1.4например,силиконовыеобъектыдляn≈1.4, или обработка образцов ри‑матчинг растворами/clearing CUBIC,CLARITY,RIMSит.п.CUBIC, CLARITY, RIMS и т. п.CUBIC,CLARITY,RIMSит.п. если это совместимо с задачей.Для высоких глубин и живой ткани — Adaptive Optics sensorlessAOчастоиспользуетсявконфокальной/мультифотоннойсистемах,т.к.прямоеволновоеизмерениесложноsensorless AO часто используется в конфокальной/мультифотонной системах, т. к. прямое волновое измерение сложноsensorlessAOчастоиспользуетсявконфокальной/мультифотоннойсистемах,т.к.прямоеволновоеизмерениесложно. AO даёт наибольший выигрыш в разрешении/контрасте на глубинах, где простые меры бесполезны.На завершающем этапе — применять depth‑variant deconvolution с PSF, измеренным/моделированным для каждой глубины.Для высокоточной многоканальной локализации SMLM,FISH,корреляционныеметодыSMLM, FISH, корреляционные методыSMLM,FISH,корреляционныеметоды Калибруйте хроматические искажения с многоканальными микробусинками и используйте канальное выравнивание/матрицы смещения.Используйте апохроматические объективы и минимальный спектральный перекрывающий диапазон.Практическое правило: аппаратная коррекция правильныйобъектив,иммерсия,correctioncollar,AO,clearingправильный объектив, иммерсия, correction collar, AO, clearingправильныйобъектив,иммерсия,correctioncollar,AO,clearing всегда льёт больше воды, чем чистая вычислительная обработка. Вычисления полезны и часто необходимы, но не могут восстановить полностью утраченные высокочастотные компоненты при малом SNR.6) Ограничения и реальные ожидания
Если волновая ошибка велика и Strehl мал, то никакая деконволюция не вернёт скрытую информацию — можно лишь улучшить видимость/контраст.AO и системы с активной коррекцией дороги и сложны в настройке; их применение оправдано при глубоком/высококачественном super‑resolution,2Psuper‑resolution, 2Psuper‑resolution,2P сканировании.Некоторые методы очистка,сменаиммерсионногомаслаочистка, смена иммерсионного маслаочистка,сменаиммерсионногомасла несовместимы с живыми образцами — нужно выбирать компромисс.Короткий чек‑лист для практики
Для обычной готовой пробы: plan‑apochromat объектив, правильное immersion medium, корректная толщина покровного стекла, калибровка хроматичности.Для многоканальной/локализационной работы: узкие фильтры/лазеры, повсеместная калибровка каналов с fiducials, канал‑специфичный PSF.Для глубоких/тяжёлых образцов: RI‑matching или clearing + коррекция collar + в идеале AO + depth‑variant deconvolution.Если хотите, могу:
привести пошаговый протокол калибровки хроматической регистрации экспериментиобработкаэксперимент и обработкаэкспериментиобработка;подобрать рекомендации для конкретного типа микроскопа widefield/confocal/2P/SMLMwidefield/confocal/2P/SMLMwidefield/confocal/2P/SMLM и типа образца живыеклетки/толстаяфиксированнаятканьживые клетки/толстая фиксированная тканьживыеклетки/толстаяфиксированнаяткань.