Оба этих слова происходят от корня "край", который обозначает крайний конец, край. Используются они в значении небольшого остатка продукта, обычно хлеба. Отличие между ними заключается в том, что "краюшка" чаще используется в значении края или кусочка хлеба, а "краюха" - более устаревший термин, обозначающий ту же самую вещь. В обиходе эти слова могут использоваться как синонимы, но "краюшка" более распространено.