В предложении «Он пришёл не один, а с другом» используется запятая для разделения частей сложносочинённого предложения.

Разбор пунктуации:

Запятая ставится перед соединительным союзом «а», который связывает две части предложения: «Он пришёл не один» и «с другом».

Смысл предложения:

Предложение сообщает о том, что главный герой (Он) пришёл в компанию не в одиночку, а с кем-то другим (подразумевается, что это друг). Это уточняет или противоречит ожиданию, что он мог прийти один.

В целом, предложение имеет ясный и лаконичный смысл, подтверждая, что приход героя сопровождается другом.