Это придаточное изъяснительное (точнее — придаточное косвенного вопроса), оно поясняет содержимое знания: «я не знал» — что именно? — «почему он молчал».
Перестановка возможна: придаточное можно поставить перед главным: «Почему он молчал, я не знал.» Смысл сохраняется, меняется лишь интонация и стилистический акцент (передняя позиция подчёркивает сам вопрос). Неправильны варианты вроде «Я не знал он почему молчал»; также с точки зрения пунктуации обязательно выделять придаточное запятой: «Я не знал, почему он молчал.»