Правильный вариант:
«Он спросил, не придём ли мы завтра.»
Пояснение правила:
- Здесь есть главное предложение («Он спросил») и изъяснительное придаточное, вводимое частицей «ли» («не придём ли мы завтра»). Изъяснительное придаточное отделяется от главного запятой.
- В косвенной речи вопросительная интонация передаётся средствами синтаксиса (слово «спросил», частица «ли»), поэтому в конце ставится точка, а не вопросительный знак. (Если бы это была прямая речь, использовались бы двоеточие, кавычки и вопросительный знак: Он спросил: «Не придём ли мы завтра?».)